在省自治期间及前后，由于新形势下教派主义的泛滥以及英国统治者的利用，也由于国大党对问题严重性认识不足和处理不当，国大党与穆斯林联盟关系空前恶化，教派主义由第二阶段向第三阶段转化。
从一定意义上来说，省政府竞选主要是国大党和穆斯林联盟之间的竞争，它直接决定省一级权力的分配，双方的教派主义势力甚至把它看作是一场生存之战。国大党在竞选中所处的遥遥领先地位使穆斯林教派主义势力深感不安，也使穆斯林联盟有了一个确定的认识，即穆斯林联盟要在未来的权力竞争中与国大党抗衡，必须使自己发展成为一个真正的全国穆斯林组织，更多地反映穆斯林上层的教派主义要求。
其实，真纳1936年从英国返回印度后，一开始是想在自由教派主义基础上复兴穆斯林联盟。1936年期间，他一直强调民族主义信念，并希望实现穆斯林和印度教徒的合作。例如，他于1936年3月在拉哈尔的演讲中谈道：“不管我做什么，我都希望你们相信，自从我加入国大党以来，我从来没有改变过自己，一点也没有。也许某些时候我做错过一些事情，但决不是为了党派利益。我想让你们相信，我的唯一目标就是维护我的祖国的利益。为了神圣的印度利益，我愿赴汤蹈火，任何事情都不能阻止我这样做。”[15]他一方面鼓动穆斯林自身发展，另一方面呼吁穆斯林去证明他们的爱国精神是不容玷污的，他们对印度的爱不比其他任何组织少。然而，1937年2月的选举结果使真纳转向了极端教派主义政治。