1990年1月，卢武铉作出了非常重要的政治选择，他反对卢泰愚、金泳三和金钟泌领导的三党合并，与其他脱党议员一起创立了小民主党，后又参与了金大中领导的在野党联合活动，成为合并后民主党的首位发言人。1992年底，卢武铉出任金大中总统候选人的选举宣讲团团长，第二年3月，他成为民主党最年轻的最高委员，2000年8月，他又被任命为海洋水产部长官。
正如他坎坷的人生经历一样，在2002年总统选举中，卢武铉也经历了戏剧性的一波三折。当初新千年民主党党内提名时，120名新千年民主党国会议员中，只有一人公开支持卢武铉，几乎没有一个人认为他会得到总统候选人的提名。当卢武铉好不容易被确定为总统候选人后，与新千年民主党有牵连的一系列腐败丑闻，又一度使他的人气指数降到了最低点。
后来卢武铉与国民联合21党总统候选人郑梦准——因成功举办世界杯而人气飙升的韩国足协主席达成协议，通过民意测验推选他俩中的一人作为两党共同候选人。结果郑梦准因支持率低而宣布退出，并表示全力支持卢武铉参选。卢武铉成为两党单一总统候选人，得以全力迎战大国家党候选人——出身名门望族、曾历任韩国总理、最高法院法官的李会昌。但大选前夜又突然遭遇“地震”——郑梦准在关键时刻撤销了对他的支持。尽管这样，卢武铉最终还是赢得了大选。