二十日，皇上在乾清宫召见王公大臣，当面下谕：“近日诸大臣因循懈怠，玩忽职守。有为朕尽心尽力者，则被众人排挤，以致出现如此严重事变。”礼亲王首先上奏道：“皇上此言真正切中时弊。臣等世受国恩，竟导致如此事变，羞愧欲死。”嘉庆再三肯定了礼亲王的意见。接着又下谕道：“日前，朕听到报告，即下令回京，皇父陵寝近在咫尺，也不能拜谒。
曾有谣言说有三千贼人将直接来侵御营，朕即指示御前王公大臣不必惊恐，如果贼人真的来到，你等拼死杀敌，朕立马阵前观看就是。”嘉庆又下谕说：“我大清从前何等强盛，如今竟发生此等事情，都是朕无德所致。”众王公大臣尽皆痛哭流涕，叩首请罪。成亲王说：“皇上如此圣明，百姓纵然不能爱戴如父母，也不至于反目为寇仇。其中必有原因，请容臣密奏。”嘉庆说：“皇兄可速速递上奏折，其他大臣如有忠贞之见，也可拟上奏折，待朕裁决。
”众大臣叩首谢。嘉庆又说：“此次事变中也有真心为朕出力的，朕心中有数，不要因此懈怠。”众人叩首退出。
二十三日，嘉庆到丰泽园亲自审讯林党。嘉庆命庄亲王和超勇亲王坐在御座旁边，下令带太监刘得才、刘金。嘉庆问道：“你们都是朕的内侍，朕有什么地方薄待了你们，竟如此大逆不道？”二人连连叩头求饶：“主子饶命，主子饶命！”嘉庆笑着说：“你们既然已归顺林清，哪里还知道什么主子？”二人哑口无言。嘉庆先命将二人重打，然后带下。随后，林清被带到，皇上问他为何蓄谋造反。林清回答：“这是我教经书写明的。我只是派同伙冲入宫门，杀害官兵，以应劫数。”嘉庆又讯问其党羽，林清供认说：“有个包衣人祝现，是我教中的重要首领。”嘉庆回头问刑部大臣：“此人现在何处？”