1990年1月,卢武铉作出了非常重要的政治选择,他反对卢泰愚、金泳三和金钟泌领导的三党合并,与其他脱党议员一起创立了小民主党,后又参与了金大中领导的在野党联合活动,成为合并后民主党的首位发言人。1992年底,卢武铉出任金大中总统候选人的选举宣讲团团长,第二年3月,他成为民主党最年轻的最高委员,2000年8月,他又被任命为海洋水产部长官。
正如他坎坷的人生经历一样,在2002年总统选举中,卢武铉也经历了戏剧性的一波三折。当初新千年民主党党内提名时,120名新千年民主党国会议员中,只有一人公开支持卢武铉,几乎没有一个人认为他会得到总统候选人的提名。当卢武铉好不容易被确定为总统候选人后,与新千年民主党有牵连的一系列腐败丑闻,又一度使他的人气指数降到了最低点。
后来卢武铉与国民联合21党总统候选人郑梦准——因成功举办世界杯而人气飙升的韩国足协主席达成协议,通过民意测验推选他俩中的一人作为两党共同候选人。结果郑梦准因支持率低而宣布退出,并表示全力支持卢武铉参选。卢武铉成为两党单一总统候选人,得以全力迎战大国家党候选人——出身名门望族、曾历任韩国总理、最高法院法官的李会昌。但大选前夜又突然遭遇“地震”——郑梦准在关键时刻撤销了对他的支持。尽管这样,卢武铉最终还是赢得了大选。