这次农民战争具有地方局限性、地域分散性、自发性和无组织性的特点，也就是带有封建社会时期历次农民运动所固有的各种弱点。缺乏统一的战略计划，与独立起义地区的联系薄弱，这使普加乔夫和军事委员会不能对整个国土上的起义运动实施领导，各独立起义中心缺乏统一领导。普加乔夫只顾围攻奥伦堡和雅伊克镇，放弃了向伏尔加河流域的进军，那里的人民曾准备支持他，结果使农民战争的战略基地局限在俄罗斯帝国的东南部地区，使叶卡特琳娜二世赢得了动员兵力的时间。沙皇政府用地方部队镇压起义的企图落空后，遂于1773年12月派遣比比科夫上将率领讨伐军(数个骑兵团和步兵团，共约6500人，30门火炮)前去对付普加乔夫的起义军。由于得不到正在徒劳地围攻奥伦堡的普加乔夫主力部队的援助，一些分散的并装备低劣的起义支队在萨马拉和孔古尔附近失败受损。直到布祖卢克斯卡亚失守之后，普加乔夫才从奥伦堡附近撤出部分兵力，以图阻止沙皇军队的继续推进。但是，1774年3月22日在塔季谢瓦要塞附近，其主力部队在持续6个多小时的总决战中败于政府军，约有2000人阵亡，4000人受伤被俘，损失了全部火炮。3月24日，起义军另一支队伍在乌法附近被米赫尔松中校的讨伐军打败，接着，奇卡(扎鲁宾)和赫洛普沙(索科洛夫)被俘。普加乔夫撤离别尔达庄并放弃了对奥伦堡的围攻。1774年4月1日，他与讨伐军在萨克马拉镇附近再次交手，但又遇失败(400余人阵亡，2800余人被俘)，并失去了一些最亲密的助手(希加耶夫、帕杜罗夫、维托什诺夫、戈尔什科夫、波奇塔林)，他们都被俘虏。普加乔夫率领一支五百人的队伍冲出重围，在乌拉尔山中隐藏起来。到1774年4月中旬，各大起义中心虽然都被摧毁，但是，萨拉瓦特·尤拉耶夫、别洛博罗多夫、奥夫钦尼科夫的队伍均仍分别在巴什基里亚、叶卡特琳堡附近及奥伦堡边区积极活动着。